Geologer anslår at kjernen opptar 42 % av planetens volum mens jordens kjerne tar bare omtrent 17 % av sitt volum, og nyere forskning gir sterke indikasjoner på at Merkur har en flytende kjerne.[9][10] Rundt kjernen ligger en 500–700 km tykk mantel bestående av silikater.[11][12] Basert på data fra Mariner 10-oppdraget og jordbaserte observasjoner er skorpen antatt å være 100–300 km tykk.[13] Et karakteristisk trekk ved overflaten er mange smale høydedrag som strekker seg opptil flere hundre kilometer i lengde. Det er antatt at de ble dannet da kjernen og mantelen avkjøltes og krympet i en periode hvor skorpen allerede hadde blitt forsteinet.[14]

Det antas at en kjempekollisjon med et himmellegeme med en diameter på flere hundre kilometer tidlig i Merkurs historie rev av så store deler av planeten at dens opprinnelige mantel forsvant og resulterte i en relativt tynn mantel sammenlignet med den store kjernen, selv om andre teorier finnes (se nedenfor).[15]